Tuy nhiên, những hạn chế lớn nhất mà tất cả các quỹ này đang gặp phải là khả năng đáp ứng nhu cầu cho Doanh nghiệp nhỏ và vừa chưa cao. Vậy đâu là nguyên nhân? 

Tổng vốn điều lệ thực có của các quỹ bảo lãnh tín dụng ước khoảng trên 1 ngàn 400 tỷ đồng, trong đó có đến hơn 1 ngàn 300 tỷ đồng là vốn ngân sách. 16 năm qua tất cả các quỹ trên cả nước mới chỉ bảo lãnh được khoảng trên 4 ngàn 100 tỷ đồng vốn vay trong tổng số 1,3 triệu tỷ đồng dư nợ tín dụng của khối doanh nghiệp nhỏ và vừa. Tỷ lệ bảo lãnh chỉ tương đương 3,2% tổng dư nợ tín dụng nhưng đến nay các quỹ bảo lãnh tín dụng đã phải trả nợ thay cho doanh nghiệp với tỷ lệ lên đến 8,6% trong số nợ được bảo lãnh. Tiến sĩ Nguyễn Trí Hiếu, chuyên gia kinh tế cho rằng, có nhiều nguyên nhân dẫn đến tình trạng doanh nghiệp nhỏ và vừa vẫn hạn chế trong tiếp cận vốn tín dụng. Trước hết, xuất phát từ chính những hạn chế nội tại của doanh nghiệp nhỏ và vừa như quy mô vốn nhỏ, vốn chủ sở hữu và năng lực tài chính hạn chế; trình độ quản trị doanh nghiệp bất cập, thiếu phương án kinh doanh khả thi; số liệu thiếu chính xác; thiếu hoặc không đủ giấy tờ về tài sản đảm bảo…

"Quy định của họ về việc xem bảo lãnh cho các doanh nghiệp vừa và nhỏ có thể quá chặt chẽ, nó ở trên cái cơ sở là các quỹ bảo lãnh tín dụng đó phải bảo toàn đồng vốn điều lệ của họ."

Theo Tiến sĩ Nguyễn Đức Độ, Phó Viện trưởng Viện Kinh tế tài chính, nguyên nhân chủ yếu dẫn tới những hạn chế của các Quỹ bảo lãnh tín dụng hiện nay là do các bất cập về mô hình hoạt động, về vốn điều lệ và quy trình thẩm định cấp tín dụng:

"Rủi ro cho vay các doanh nghiệp vừa và nhỏ là tương đối lớn. Và dù quỹ được thành lập hay vận hành theo cơ chế nào đi chăng nữa thì vấn phải đối mặt với rủi ro đấy và người đưa ra quyết định cho vay họ phải chịu trách nhiệm..."

Tuy nhiên, khả năng đáp ứng cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa chưa cao, đồng thời mức độ hài lòng của doanh nghiệp về thủ tục hồ sơ đề nghị cấp tín dụng cũng rất thấp. Tiến sĩ Nguyễn Trí Hiếu, chuyên gia kinh tế nhận định:

"Vốn điều lệ phải tăng lên và có lẽ nên tập trung tất cả các quỹ bảo lãnh tín dụng đó trở thành một hệ thống vốn bảo lãnh tín dụng quốc gia, phải là dòng vốn được chính phủ và quốc hội phê chuẩn để tăng vốn điều lệ của họ lên. Đồng thời nữa là họ sẽ là cơ quan trung tâm để điều phối việc phát hành bảo lãnh tín dụng.."

Việc Chính phủ ban hành Nghị định 34 trong đó thống nhất yêu cầu tất cả các quỹ bảo lãnh tín dụng phải hoạt động độc lập theo mô hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn và bắt buộc phải có hội đồng quản lý sẽ tạo ra một hành lang pháp lý rất cụ thể, sáng rõ để các địa phương chuyển đổi mô hình hoạt động, tăng hiệu quả hỗ trợ doanh nghiệp. Do đó theo Tiến sĩ Nguyễn Việt Đức, chuyên gia kinh tế, để các quỹ hoạt động thực chất và hiệu quả cần có sự tham gia của quỹ đầu tư mạo hiểm:

"Quỹ đầu tư mạo hiểm cùng với những cơ chế minh bạch về tài chính thông qua việc niêm yết cổ phiếu của những doanh nghiêp nhỏ và vừa ở trên một sàn riêng biệt sẽ tạo ra một cơ chế để thúc  đẩy những doanh nghiệp nhỏ và vừa sẽ minh bạch hóa, sẽ có bước tiến nhanh và mạnh hơn về quản trị. Đồng thời giúp cho quỹ bảo lãnh tín dụng và ngân hàng sẵn sàng hơn trong việc giải ngân."

Bên cạnh đó để tăng khả năng thẩm định khách hàng và có thể bắt đầu từ việc thay đổi mô hình bảo lãnh, nếu chỉ cho phép hoạt động duy nhất một loại mô hình quỹ bảo lãnh tín dụng do Nhà nước thành lập và không vì mục tiêu lợi nhuận thì khó có thể đáp ứng nhu cầu ngày càng lớn của cộng đồng doanh nghiệp nhỏ và vừa.

Thực tế, tại nhiều nước trên thế giới vẫn tồn tại hình thức Quỹ bảo lãnh tín dụng do các tổ chức hiệp hội thành lập. Vốn hoạt động của quỹ đó do các thành viên trong tổ chức hiệp hội đóng góp nhằm bảo lãnh, trợ giúp các doanh nghiệp nhỏ và vừa thành viên, hoạt động phi lợi nhuận. Ngoài ra, cũng có các quỹ do các tổ chức, công ty thành lập, hoạt động kinh doanh chính là bảo lãnh, trợ giúp các doanh nghiệp. Do vậy, Chính phủ cũng cần sớm nghiên cứu, ban hành cơ chế cho phép thành lập các Quỹ bảo lãnh tín dụng do các hiệp hội và doanh nghiệp thành lập để gia tăng số lượng các quỹ và tăng sự lựa chọn cho doanh nghiệp.