Đây là một tác dụng phụ không mong muốn thường gặp khi dùng loại thuốc này. Hầu hết các trường hợp tiêu chảy do kháng sinh thường nhẹ và tự hết khi bạn ngưng dùng kháng sinh. Tuy nhiên, có một loại tiêu chảy nặng xảy ra gọi là viêm ruột màng giả, cần phải xét nghiệm để phân biệt và có biện pháp điều trị.